1. Edykty inwentarze i zarządzenia 1679-1813; 18 j.a. - inwentarze biblioteki kościelnej i innych bibliotek, inwentarze sprzętu kościelnego, sprzedaż złomu (miedzi, ołowiu, żelaza i mosiądzu), datki na budowę kościołów i innych zakładów dobroczynności. 2. Kapitał kościoła 1674-1800; 200 j.a. - ewindykacja długów, ściganie dłużników, spory o domy, myto, odsetki i pożyczki. 3. Obsada stanowisk 1678-1801; 17 j.a. - Kolegium Szkolne, akta kościoła św. Mikołaja, mianowanie organistów i dzwonników w kościele św. Mikołaja, obsady stanowisk: zakrystiana, pastorów na Pomorzanach (Pommerensdorf), Gumieńcach (Scheune) i Świerczewie (Schwarzow), katechetów, trębacza, śpiewaka i konrektora w miejskiej szkole. 4. Rachunki kościelne 1569–1766; 1 j.a. 5. Pogrzeby 1584-1812; 89 j.a. - matrykuły pogrzebowe, zarządzenia dotyczące pogrzebów, kaplic cmentarnych, ceremonii pogrzebowych, nagrobków i cmentarzy, ławki i siedzenia w kościołach św. Jakuba i św. Mikołaja, budowa chóru w kościele św. Jakuba. 6. Dobra kościelne [1294] 1569-1780; 18 j.a. - własność kościelna w Osowie (Wussow), dzierżawy i wykazy dóbr, pomiary ziemi, fortyfikacje na ziemi kościelnej, łąki, budowa domu dla pasterzy, spory graniczne. 7. Domy kościelne 1689-1808; 30 j.a. - mieszkania i zabudowania należące do kościoła, sprzedaż domów, dom dla wdów po pastorach, zamiany domów. 8. Darowizny 1675-1786; 23 j.a. - srebra, legaty, długi, ufundowanie organów. 9. Budownictwo kościelne 1694-1809; 27 j.a. - budowa i remonty domów, kościołów i szkół, szkody wyrządzone przez ostrzał artyleryjski (1714 r.), remont kościoła św. Jakuba, sprzedaż ołtarza w kościele św. Mikołaja, budowa domów dla organistów i katechetów. 10. Jurysdykcja kościelna 1741; 1 j.a. 11. Nadzwyczajne dochody 1685; 1 j.a. 12. Zakwaterowania wojsk francuskich 1757–1806; 2 j.a. 13. Choroby 1682-1881; 4j.a. - epidemia cholery w Szczecinie, sprawy sporne i oskarżenia. 14. Matrykuła kościelna 1588-1881; 4 j.a. - spisy parcel kościelnych, matrykuły i biblioteka kościoła św. Jakuba i Mikołaja. 15. Spuścizna Karla Fredricha 1645-1901; 111 j.a. - działalność pastorów kościoła św. Jakuba, nominacja Friedricha Cramera, granice parafii, spory, budownictwo kościelne, wizytacje, odpisy: przywilejów, traktatu w Osnabrück, układów księstwa z Polską, uchwał Landtagów, sytuacja polityczna w Europie i Polsce, opis wyjazdu Cramera na sejm w Warszawie w 1645 r., zarządzenia, edykty, reskrypty, ordynki, regulaminy, spory z miastem i poszczególnymi osobami, korespondencja kościelna, księgi protokołów, zawartość biblioteki kościelnej, spuścizny pastorów, szkolnictwo, sprawy grobowców, kartografika, rejestry ślubów (1746 r.), bitwa z Turkami (1687 r.).

Budowę kościoła św. Jakuba rozpoczęto w 1180 r., konsekrując go w 1187 r. W 1189 r. stał się on farą z prawem udzielania uroczystych ślubów, chrztów i pogrzebów. Jeszcze w XII w. kościół został obdarzony dwoma wioskami: Grzybnem i Klęskowem, a w 1200 r. otrzymał wieś Będargowo. Papież Grzegorz IX 13 IX 1233 r. ustanowił przy kościele konwent zakonników św. Benedykta, składający się z dwunastu członków i przełożonego. Świątyni św. Jakuba podlegały kościoły w Ustowie, Gumieńcach, Szczecinie (kościoły św. Ducha i św. Michała) w oraz szpitale św. Michała (potem św. Jerzego) i św. Ducha. Ponadto w 1277 r. kościół uzyskał zezwolenie na prowadzenie szkoły, którą w 1311 r. przekształcono w szkołę miejską. W 1250 r. rozpoczęto przebudowę kościoła św. Jakuba, wznosząc w miejsce pierwszego drewnianego, trzynawową bazylikę. Po pożarze wieży i dachu w 1370 r. zmieniono układ bazylikowy na halowy. Po reformacji świątynię przejęli protestanci, usuwając część dawnego wyposażenia. Podczas oblężenia Szczecina przez wojska brandenburskie w 1677 r. kościół całkowicie spłonął. Ponownie odbudowany pełnił funkcję, po pożarze kościoła NMP w 1789 r., głównej świątyni miasta. W ciągu XIX i XX w. kościół św. Jakuba poddawany był kilkakrotnie renowacjom. W 1944 r. po bombardowaniu Starego Miasta został w znacznym stopniu zniszczony i dopiero w latach siedemdziesiątych XX w. odbudowano go po raz kolejny. W 1881 r. kościół św. Jakuba przekazał archiwum depozyt liczący 432 j. a. Następnie w 1920 r. do archiwum szczecińskiego trafiły z Miejskiej Biblioteki materiały zgromadzone przez dyrektora Gimnazjum Miejskiego Karla Fredricha, które włączono do zespołu. W czasie II wojny światowej zespół został wywieziony poza Szczecin, a po 1945 r. znalazł się ponownie w magazynach archiwalnych. Zaginęły 33 j.a. (ok. 6% zespołu).