Kancelaria Prezydialna, 1867-1914, sygn. 1-265 - sprawy nadawania szlachectwa. Wydział Administracyjny, Referat Ogólny, 1867-1918, sygn. 266-2279 - akta personalne urzędników, wydatkowanie kapitałów instytucji wyznaniowych na budowę i remonty świątyń oraz utrzymanie cmentarzy, legaty i zapisy, uchwały zebrań gminnych, zatwierdzanie ławników, skargi na urzędników gminnych, odszkodowania za grunty zajęte pod budowę kolei, otwieranie i zamykanie stacji pocztowych, jarmarki i targi; Referat Budownictwa i Dróg, 1867-1914, sygn. 2280-2862 - budowa, remonty i przebudowa domów mieszkalnych, budynków fabrycznych, kościołów, naprawa i budowa dróg; Referat Gospodarczy Miejski, 1867-1914, sygn. 2863-4591 - inwestycje miejskie, budżety kas miejskich, dochody i wydatki miast; Referat Sprawozdawczy, 1867-1914, sygn. 4592-5204 - sprawozdania kas miejskich z dochodów i wydatków, pożyczki na budowę domów, ceny materiałów budowlanych i siły roboczej. Wydział Wojskowo-Policyjny, Referat Kwaterunkowy, 1867-1914, sygn. 5205-5736 - kwatery i podwody dla wojska, ceny furażu i prowiantu, pomieszczenia na szpitale wojskowe; Referat Przesiedleńczy, 1867-1914, sygn. 5737-6977 - przesiedlenia w głąb Rosji, przyjmowanie i uwalnianie od poddaństwa rosyjskiego; Referat Więzienny, 1895-1914, sygn. 6978-7152 - zestawienia liczby aresztantów, skazania na zesłanie i katorgę, organizacja więzień i zatrudnianie więźniów. Wydział Prawny, Referat Finansowy, 1867-1914, sygn. 7153-7395 - sprawozdania z wpływów i zaległości podatkowych, budżety urzędów gubernialnych i powiatowych, zasiłki i pensje dla duchowieństwa świeckiego i zakonnego; Referat Sądowy, 1867-1914, sygn. 7507-7704 - spory majątkowe, sprzedaż majoratów, nadużycia urzędników, spisy majątku po zmarłych proboszczach. Wydział Weterynaryjny, 1898-1914, sygn. 7396-7506 - opieka sanitarna nad zwierzętami, epidemie wśród bydła, kontrola dochodów z uboju bydła, akta personalne weterynarzy. Wydział Lekarski, 1867-1917, sygn. 7705-8125 - zezwolenia na otwieranie aptek i składów aptecznych, gabinetów lekarskich oraz laboratoriów, akta personalne lekarzy i farmaceutów, spisy aptek, sprawozdania szpitali o liczbie chorych, Towarzystwo Lekarskie w Kaliszu, zasiłki dla rodzin lekarzy. Wydział Ubezpieczeń, 1874-1895, sygn. 8134-8149 - przychody i rozchody sum otrzymanych ze składek ubezpieczeniowych, spisy osób płacących składki. Wydział Budowlany, 1913-1914, sygn. 8150-8367 - zezwolenia na budowę domów. Redakcja "Wiadomości Gubernialnych", 1869-1914, sygn. 8371-8390 - wykazy cen na targowiskach, poszczególne numery samego czasopisma. Protokoły posiedzeń Rządu Gubernialnego Kaliskiego, 1867-1914, sygn. 8391-8414. Księgi kancelaryjne, 1867-1914, sygn. 8415-8643 - spisy urzędników i roczne spisy akt poszczególnych wydziałów. Akta zinwentaryzowane w 2000 r., 1874-1916, sygn. 8644-8677, protokoły posiedzeń Rządu Gubernialnego, spisy spraw i rejestry kancelaryjne różnych wydziałów.

Rząd Gubernialny Kaliski utworzono na mocy ukazu z dnia 31.12.1866 r. o zarządzie gubernialnym i powiatowym w Królestwie Polskim. Poprzednio urząd o takiej nazwie funkcjonował w latach 1837-1845 w oparciu o inne przepisy prawa i uległ likwidacji wraz ze zniesieniem guberni kaliskiej i włączeniem jej terytorium do guberni warszawskiej. W myśl wymienionego ukazu władzą administracji ogólnej II instancji był rząd gubernialny. Na jego czele stał gubernator mianowany przez cara. Rząd podlegał Ministerstwu Spraw Wewnętrznych. Zwierzchni nadzór na terenie Królestwa Polskiego sprawował nad nim także namiestnik, a od 1874 r. generał-gubernator warszawski. Rząd obradował pod prezydencją gubernatora lub wicegubernatora. Do kompetencji Rządu, jako ciała kolegialnego początkowo należały: sprawy gospodarcze, podatkowe, wyznaniowe, więziennictwo, pobór rekrutów, zaopatrzenie oddziałów wojskowych i straży ziemskiej, ustalanie granic powiatów i gmin, nadzór nad budownictwem sanitarnym oraz budową dróg i mostów, zatwierdzanie planów i kosztorysów na wznoszenie i reperację zabudowań miejskich, skarbowych, przemysłowych, domów prywatnych oraz kościołów i kaplic, sprawy zarządu miast, w tym od 1903 r. zatwierdzanie ich budżetów, kontrola ruchu ludności oraz sprawy personalne urzędników gubernialnych. W 1867 r. w skład Rządu Gubernialnego wchodziło 7 wydziałów: Administracyjny, Wojskowo-Policyjny, Prawny, Skarbowy, Dóbr Rządowych i Ubezpieczeń oraz Lekarski. W 1869 r. z zakresu działalności Rządu wyłączono wymiar i pobór podatków oraz sprawy nadzoru nad dobrami rządowymi, które to czynności przejęła Izba Skarbowa. W 1874 r. kompetencje w zakresie poboru do wojska przejął Urząd do Spraw Powinności Wojskowej. W 1902 r. zlikwidowano Wydział Ubezpieczeń. Jego kompetencje wykonywał nadal Urząd Ubezpieczenia Budynków od Ognia. W 1898 r. utworzono Wydział Weterynaryjny, wyłączając zagadnienia nadzoru nad zwierzętami z Wydziału Lekarskiego. W 1913 r. utworzono Wydział Budowalny (Otdelenie Tehničesko-Soveščatel'nago Prisutstviâ). Ponadto przy Rządzie Gubernialnym funkcjonowały jeszcze: kancelaria prezydialna, sekretarz gubernialny, archiwum, redakcja dziennika gubernialnego oraz drukarnia. W skład Rządu wchodzili także budowniczy gubernialny i inżynier oraz inspektor lekarski. Po ewakuacji władz rosyjskich w 1914 r., Rząd Gubernialny funkcjonował jeszcze do 1918 r.