Zasób Archiwum Nauki stanowią materiały archiwalne: należące do państwowego zasobu archiwalnego, zgodnie z dokumentem powierzenia z dnia 6 marca 2002 r. wydanego Polskiej Akademii Nauk przez Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych oraz należące do niepaństwowego zasobu archiwalnego, stanowiące własność Polskiej Akademii Umiejętności. Prowadzona jest odrębna ewidencja dla państwowego i niepaństwowego zasobu archiwalnego.

Archiwum Nauki działa w oparciu o statut podpisany przez prezesów obu Akademii, nadany decyzją Prezesa PAN z 12 lutego 2004 roku. Nadzór nad działalnością Archiwum sprawuje z upoważnienia Prezesa PAN Prezes Oddziału PAN w Krakowie. Archiwum posiada Radę Naukową złożoną z 10 członków po połowie desygnowanych przez Prezydium Oddziału PAN w Krakowie i Zarząd PAU. W Archiwum działa Komisja Metodyczna.

Do zadań statutowych Archiwum Nauki należy:

• -gromadzenie, przechowywanie i zabezpieczanie, ewidencjonowanie i opracowywanie, udostępnianie materiałów archiwalnych jednostek organizacyjnych PAN działających na obszarze Oddziału PAN w Krakowie, materiałów archiwalnych Polskiej Akademii Umiejętności, stowarzyszeń i instytucji naukowych oraz archiwów osobistych (spuścizn) ludzi nauki i kultury;

• -prowadzenie działalności naukowej, wydawniczej oraz informacyjnej i popularyzacyjnej o Archiwum Nauki i jego zasobie;

• -kształtowanie narastającego zasobu PAN i PAU.

Zasób Archiwum Nauki na dzień 31 grudnia 2011 roku wynosi 1406,19 mb akt oraz dokumentację pozaktową (gromadzoną w poszczególnych zespołach akt): fotografie, medale i odznaczenia, mapy. Zbiory przechowywane są w 4 klimatyzowanych magazynach archiwalnych. Odpowiednie warunki przechowywania zostały stworzone dzięki funduszom uzyskanym z Fundacji na Rzecz Nauki Polskiej i PAU.