Pierwszą państwową instytucją, powołaną do gromadzenia dokumentacji ze zlikwidowanych urzędów na terenie miasta Włocławka, był utworzony 1 VIII 1950 r. Oddział Powiatowy Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Bydgoszczy. W 1951 r. Oddział przekształcony został w Powiatowe Archiwum Państwowe we Włocławku, obejmując terenem swego działania powiaty: aleksandrowski, lipnowski, włocławski, miasto Włocławek, a od 1956 r. nowoutworzony powiat radziejowski. Po reformie podziału administracyjnego kraju w 1975 r. Powiatowe Archiwum Państwowe we Włocławku z dniem 1 I 1976 r. przekształcone zostało w Oddział Wojewódzkiego Archiwum Państwowego w Bydgoszczy. Od 1975 r. Oddział we Włocławku terenem swego działania objął nowoutworzone województwo włocławskie. W 1982 r. Oddział Włocławski podporządkowany został Wojewódzkiemu Archiwum Państwowemu w Toruniu, a następnie (od 1984 r.) Archiwum Państwowemu w Toruniu. Kierownikiem oddziału w latach 1976-2007 była mgr Marianna Gruszczyńska. Od 2007 r. kierownikiem Oddziału jest dr Tomasz Dziki.

Archiwum Państwowe w Toruniu, Oddział we Włocławku