Gromadzenie archiwum rozpoczął prof. Jan Zdzisław Włodek (1885 – 1940), ziemianin, legionista, dyplomata, specjalista nauk rolniczych, profesor UJ, właściciel dóbr Dąbrowica, w pow. bocheńskim i Ostrowy Tuszowskie (Buda Tuszowska) w pow. kolbuszowskim, początkowo w dworze w Dąbrowicy, następnie w domu w Krakowie przy ul. Pędzichów Boczna 5 . Były to dokumenty gospodarcze zarządzanych przez niego dóbr.

W 1929 odnalazł i przeniósł do Krakowa zbiór dokumentów z lat 1750-ok.1850 dotyczących dóbr dąbrowickich - tzw. Archiwum Dąbrowickie I. Po śmierci Jana Z. Włodka gromadzenie i porządkowanie dokumentów prowadziła jego żona dr Zofia z Goetz Okocimskich Włodkowa (1890 – 1981), publicystka, tłumaczka i działaczka społeczna. Zachowała spuściznę Jana Zdzisława Włodka, w tym jego twórczość fotograficzną.

W 1943 dołączyła do archiwum odnaleziony zespół dokumentów dotyczących rodziny Szuyskich (1603-1889).

W 1944 przed nacjonalizacją przewiozła do Krakowa resztę archiwum dąbrowickiego.

W 1939 siostra Zofii Włodkowej Maria Pia Komornicka zostawiła jej na przechowanie fragment archiwum rodzinnego Goetz Okocimskich uratowany przez nią po zajęciu Okocimia przez niemieckich okupantów. Zbiór ten wraz z fragmentami prac genealogicznych Jana Albina Goetz Okocimskiego został przekazany Zofii Włodkowej na mocy testamentu.

Od lat siedemdziesiątych XX wieku opiekę na archiwum przejął prof. Jan Marian Włodek (1924 – 2012) syn Jana Zdzisława i Zofii Włodków, hydrobiolog, działacz społeczny, prof. zw. dr nauk przyrodniczych PAN, wiceprezes Polskiego Towarzystwa Ziemiańskiego Oddział Kraków, współfundator Fundacji im. Zofii i Jana Włodków.

W latach 15.I.1979 do 15.VIII.1979 przeglądnął i skatalogował zbiory zachowując ich pierwotny układ. Zespół został podzielony na działy oznaczone rzymskimi numerami od I do IX. Prace nad archiwum Jan Marian Włodek kontynuował do śmierci w roku 2012. Do zespołu dołączył spuściznę matki Zofii Włodkowej oraz dokumenty własne i siostry prof. Zofii Albiny Włodek (1925 – 2018) historyczki filozofii i teologii, mediewistki, działaczki społecznej i charytatywnej, prof. zw. dr nauk humanistycznych PAN, wiceprezeski Polskiego Towarzystwa Ziemiańskiego Oddział Kraków, współzałożycielki Edukacyjno-Charytatywnej Fundacji im. Marjorie Salisbury, współfundatorki Fundacji im. Zofii i Jana Włodków. Własne prace naukowe Jan Marian Włodek przekazał do Archiwum Nauki PAN PAU. Archiwum zostało rozbudowane o działy od X do XV. Jan M. Włodek sporządził inwentarze zasobu w formie maszynopisu. Po jego śmierci opiekę nad archiwum przejęła Zofia Albina Włodek, która przekazała go w testamencie utworzonej wraz z bratem Fundacji im. Zofii i Jana Włodków. Fundacja na mocy statutu gromadzi archiwalia dotyczące dziejów ziemiaństwa polskiego.

Obecnie trwają prace nad reinwentaryzacją i szczegółowym opracowaniem zasobu.