1. Organizacja i zarządzanie - 1949-2003; 102 j.a. 1.1. regulaminy organizacyjne i schematy - 1949-2003; 17 j.a. 1.2. instrukcja kancelaryjna i obieg dokumentów - 1960-1988; 7 j.a. 1.3. zarządzenia dyrektora - 1965-1966; 17 j.a. 1.4. zarządzenia wewnętrzne - pisma okólne - 1953-1988; 37 j.a. 1.5. Kolegium Zjednoczenia Żeglugi śródlądowej i Stoczni Rzecznych - 1960-1968; 3 j.a. 1.6. Rada Pracownicza, zebrania załogi - 1965-2001; 4 j.a. 2. Planowanie - 1953-1988; 36 j.a. 3. Sprawozdawczość - 1954-1999; 117 j.a. 3.1. sprawozdania i analizy roczne - 1960-1971; 12 j.a. 3.2. sprawozdania finansowe i bilanse - 1958-1994; 46 j.a. 3.3. analizy techniczno-ekonomiczne - 1963-1982; 7 j.a. 3.4. stan floty rzecznej i nabrzeży - 1966-1999; 19 j.a. 3.5. inwestycje i remonty - 1956-1990; 9 j.a. 4. Kontrole - 1957-1991; 40 j.a. 5. Polityka kadrowa i socjalna - 1950-2004; 32 j.a. 6. Dzienniki okrętowe - 1981-2002; 62 j.a. - są to dzienniki okrętowe statków: "Danusia", "Feliks", "Kolhidia 1", "Kolhidia 2", "Liwia", "Ładoga", "Nosorożec" S-01, "Nosorożec" S-04,"Nosorożec" S-05 i "Olga". 7. Dzienniki maszynowe - 1986-2003; 38 j.a. - są to dzienniki maszynowe statków: "Feliks", "Liwia", "Nosorożec" S-01, "Nosorożec" S-04 i "Nosorożec" S-05. 8. Dzienniki dyspozytorów - 1989-2003; 40 j.a. - są to dzienniki dyspozytorów ze Szczecina i Świnoujścia.

Przedsiębiorstwo Państwowe Żegluga Szczecińska zostało utworzone zarządzeniem nr 206 Ministra Żeglugi z dnia 31 grudnia 1956 roku. Działalność rozpoczęło od 1 stycznia 1957 roku . Powstało z połączenia wcześniej działających szczecińskich ekspozytur przedsiębiorstw: Polska Żegluga Przybrzeżna na Bałtyku "Gryf", Żegluga Przybrzeżna i Żegluga na Odrze. Według statutu przedsiębiorstwo miało prowadzić działalność w zakresie: przewozów ładunków; przewozów osób na trasie Szczecin-Świnoujście-Szczecin, Szczecin-Międzyzdroje oraz przewozów wycieczek po porcie; przeładunków i składowania; usług holowniczych; remontów taboru pływającego i urządzeń własnych. W momencie powstania flota przedsiębiorstwa składała się z 9 statków pasażerskich, kilku holowników i 44 barek i wymagała modernizacji. W latach osiemdziesiątych w wyniku załamania się szczecińskiej żeglugi pasażerskiej wszystkie statki pasażerskie (poza promami towarowymi i osobowymi obsługującymi przeprawy w Świnoujściu) zostały odsprzedane lub zezłomowane. W 1990 roku przed restrukturyzacją przedsiębiorstwo zatrudniało 466 osób. Z dniem 31 maja 1991 roku zarządzeniem nr 90/91 Wojewody Szczecińskiego z dnia 24 maja 1991 r. w sprawie podziału przedsiębiorstwa pod nazwą Żegluga Szczecińska w Szczecinie zostało podzielone na dwa przedsiębiorstwa: Żegluga Świnoujska z siedzibą w Świnoujściu (dotychczasowy Rejon Świnoujście); Żegluga Szczecińska z siedzibą w Szczecinie. Ponadto zmianie uległ adres przedsiębiorstwa. Nową siedzibą stał się Dworzec Morski przy ul. Jana z Kolna 7 w Szczecinie.10 listopada 1995 roku zarządzeniem nr 205/95 Wojewody Szczecińskiego z dnia 9 listopada 1995 r. w sprawie wszczęcia postępowania naprawczego w stosunku do przedsiębiorstwa Państwowego Żegluga Szczecińska w Szczecinie w przedsiębiorstwie ustanowiony został zarząd komisaryczny. Na podstawie aktu komercjalizacji przedsiębiorstwa państwowego i aktu założycielskiego spółki z ograniczoną odpowiedzialnością z dnia 19 października 2007 r. utworzona została Żegluga Szczecińska Spółka z o.o. Majątek został zrestrukturyzowany poprzez wydzielenie działalności przewozowej prowadzonej przez barki i pchacze do osobnej spółki z większościowym udziałem przedsiębiorstwa. Na mocy umowy z dnia 21 września 2011 roku zawartej ze Skarbem Państwa na Gminę Miasto Szczecin zostały nieodpłatnie przeniesione prawa z udziałów w Spółce. W ten sposób Gmina Miasto Szczecin stała się jedynym udziałowcem Spółki.

Zespół zatwierdzony decyzją KM z dn. 22.12.2016 r.